债务人进入破产程序后、注销登记前，纳税人主体资格并未消亡依然可能发生涉税业务，依然要接受税务管理，如果债务人发生违法行为，税务机关可以采取《税收征管法》等法律法规规定的手段，纠正和打击违法行为，可以进行税务检查并作出处理处罚决定。

如果管理人对税务机关的处理处罚行为不服，可以代表债务人申请行政复议和提起行政诉讼，但应当注意现行《税收征管法》规定的“双前置”要求。根据《税收征管法》第八十八条规定，纳税人同税务机关在纳税上发生争议时，必须先依照税务机关的纳税决定缴纳税款及滞纳金或者提供相应的担保，然后可以依法申请行政复议;对行政复议决定不服的，可以依法向人民法院起诉。当事人对税务机关的处罚决定、强制执行措施或者税收保全措施不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法向人民法院起诉。也就是说，如果管理人认为税务机关要求补缴税款的税务文书确有问题，包括对税务机关确定纳税主体、征税对象、征税范围、减税、免税及退税、适用税率、计税依据、纳税环节、纳税期限、纳税地点以及税款征收方式有异议，在提起行政诉讼之前，必须先申请行政复议;而在申请行政复议之前，必须先缴清税款和滞纳金或者提供担保。本文分以下两种情况讨论。

第一种情况：应补税款属于破产债权时。如果管理人选择上述第一种方式，即缴纳税款及滞纳金，则违反《企业破产法》第十六条规定，即人民法院受理破产申请后，债务人对个别债权人的债务清偿无效。

显而易见，这条路目前是走不通的。如果管理人选择第二种方式，即提供担保，则需要分情况讨论。根据《税收征管法实施细则》第六十一条规定，担保包括经税务机关认可的纳税保证人为纳税人提供的纳税保证，以及纳税人或者第三人以其未设置或者未全部设置担保物权的财产提供的担保。根据该规定，管理人似乎有三种选择:一是有人提供纳税保证:二是纳税人提供财产担保;三是第三人提供财产担保。但从实践来看，管理人其实只有纳税人提供财产担保这一选择。这是因为纳税保证很难得到税务机关认可，破产程序中又很难有第三人愿意提供财产担保，基本可以排除其他两种选择。根据《企业破产法》第六十九条规定，设定财产担保，管理人应当及时报告债权人委员会或者人民法院。不过，通过设定财产担保的方式申请行政复议和提起行政诉讼，同样面临不确定风险:如果复议或诉讼请求最终未获支持，那么案涉税收债权的性质就转化成了有财产担保债权，其清偿顺序将大大提升，即从《企业破产法》第一百一十三条的第二顺位优先权，直接提升为破产费用之前的有财产担保债权，可能影响职工债权和社保债权的清偿，从而引起相应债权人的不满。

第二种情况：应缴税款属于新生税款时。破产程序中的新生税款不属于破产债权，不适用破产债权申报和受偿规则，而应当按照税法规定按期申报缴纳。

在破产实践中，已经出现类似案例。例如，在浙江金港船业股份有限公司与国家税务总局浙江省税务局不予受理行政复议纠纷案中，金港公司进人破产程序后对税务机关的补税处理决定不服，申请行政复议，复议机关以其不符合《税收征管法》第八十八条要求的前置条件为由不予受理。法院认为，该案争议属于《税收征管法》上的纳税争议范围，对纳税争议申请行政复议权利的行使必须符合法定的条件，复议机关在收到行政复议申请后，对该申请是否符合条件进行了审查，其作出不予受理行政复议决定，认定事实清楚，适用法律、法规正确，判决驳回诉讼请求和驳回上诉。